んでまぁVistaではフォントが一新されましてですね。
ClearType対応フォントが標準になりました。
でIE7（WinXP以上対応）でもテキストレンダリングはClearType®が標準です。切替できるそーですが。

そのVistaでの新しいフォントさんたち、JIS2004規格で追加されたり字形が変更されたりしてるそーです。
で、その説明と互換方法についての公式ページが以下。

JIS X 0213:2004 対応と新日本語フォント「メイリオ」について
※詳細資料確認できます
Windows XP および Windows Server 2003 向けJIS2004 対応 MS ゴシック & MS 明朝フォントパッケージについて
Microsoft Windows Vista:Windows Vista 向けJIS90 互換 MS ゴシック・明朝フォントパッケージについて


上書きされちゃうので、
・XPをVista仕様にするか
・VistaをXP仕様にするか
の二者択一になるようです。
ただし、既に問題点が指摘されていることもあり（「jp90タグ」で検索されてみてくださいまし）どうにもこうにも。
一般的にはそんなに影響ないのかもですが、個人的には互換を謳うならもちょっとこう･･･、と思わなくはない。変わっちゃったのだから仕方ないといえば仕方ない。

このClearType®があるからか、Win2kは対応外の様子。
他にも何か理由があるのでしょうが詳しくないのでよく分からない。
暫くすれば要望に応えてくれるかもしれませんけども。
別に見た目綺麗でなくても一向に構わないので、？？になるのは避けたいんですけど、、
職場ではWin2kが現役のところも多いでしょうし、どうにかならないですかねぇ･･･。